Con l'aumento della produzione zootecnica, per soddisfare le esigenze di una popolazione mondiale in crescita, è cresciuta a dismisura anche la somministrazione di antibiotici a bovini, suini e polli negli allevamenti di tipo intensivo. Si tratta di una pratica ancora vietata in Europa, ma praticata senza divieti in Cina e Stati Uniti. L’impiego è normalmente previsto per contenere infezioni e altre malattie fra capi che vivono fra di loro a stretto contatto, ma la FDA denuncia anche un uso superfluo per accelerare la crescita della muscolatura, in particolare nei bovini. Una stima parla addirittura dell'80 % di produzione di antibiotici negli Stati Uniti destinata all'allevamento.  Questa tendenza sta facendo in modo che aumenti la resistenza dei batteri agli antibiotici all'interno del suolo, comportando rischi sulla reale efficacia di questi farmaci. Il loro impiego massiccio infatti svolge un 'azione sul suolo, ed in particolare sui microrganismi, che non va sottovalutata.